Kesäyliopiston toimintaa johtaa johtokunta, jonka kokoonpano kaudella 2017-2018 on seuraava (varajäsen suluissa):
sd. Leila Ahlqvist, Loppi
(sd. Anne Heikkinen, Janakkala)
sd. Raimo Turunen, Hämeenlinna (Pj.)
(sd. Juha Rantanen, Humppila)
kok. Johannes Sippola, Hämeenlinna (Vpj.)
(kok. Veli-Pekka Kulmala, Hämeenlinna)
kok. Sari Airo, Ypäjä
(kok. Marjo Kotioja-Partanen, Forssa)
kesk. Lauri Hämäläinen, Hattula
(kesk. Timo Jussila, Hausjärvi)
vas. Vilja Lumme, Hämeenlinna
(vas. Heikki Tuominen, Hämeenlinna)
vihr. Sami Louekari, Riihimäki
(vihr. Outi Vesakoski, Jokioinen)